A Carter ügynök 1946-ban játszódik, amikor főhősünk, Peggy Carter hirtelen ráeszmél, hogy a háborúból hazatérő férfiak háttérbe szorítják. Peggy-t inkább titkárnőnek nézik, mintsem profi ügynöknek, és a titokban működő szervezetnek dolgozó nő egyszer csak íróasztal mögött találja magát.